吉木薩爾縣位于天山山脈東段北麓，準噶爾盆地東南緣，東同奇臺縣為鄰，西與阜康市接壤，北越卡拉麥里山和富蘊相連，南以博格達山分水嶺同吐魯番市、烏魯木齊縣為界。縣城西距自治區首府烏魯木齊市165公里，距昌吉回族自治州首府昌吉市200公里，東離哈密市550公里，吐—烏—大高等級公路、國道216線及省道303線貫穿全境，交通便利。縣域總面積8848平方公里，轄5鄉4鎮，境內有新疆生產建設兵團農六師的2個團場，總人口13.2萬人，有漢、回、哈薩克、維吾爾、蒙古等13個民族，其中少數民族人口占28％。
吉木薩爾縣氣候獨特，四季分明，年平均氣溫6.5℃，年均降水量183毫米，水資源總量4.4億立方米，現有耕地64.14萬畝、各類草場888萬畝、林地53.7萬畝。南部山間盆地具有天山北坡獨有的逆溫帶氣候，年降雨量355mm左右，中部平原是綠洲農業區，獨特的氣候水土條件，豐富的生物資源，使吉木薩爾縣成為各類農產品盛產區，其中尤以紅花、番茄、大蒜等特色農產品享譽區內外。全縣已有大蒜、馬鈴薯等20種無公害農產品和7個無公害農產品基地順利通過自治區認證，其中大蒜、紅花、肉蓯蓉、羊四個生產基地和一個190噸有機羊肉加工廠順利通過國家有機食品認證中心的認證（簡稱OFDC）。我縣已被國家評為“大蒜之鄉”、“黑加侖之鄉”和“高淀粉馬鈴薯之鄉”。近年來，我縣加大特色農業資源整合力度，積極推進特色農產品生產的規模化、標準化和產業化，重點培育發展番茄、高淀粉土豆、特色林果等支柱產業，狠抓招商引資工作，先后引進和扶持壯大了新疆屯河北庭番茄制品公司、新疆三臺酒業有限責任公司、天山飛雪、匯昌油脂、博林科技、莊子實業等一批農產品加工龍頭企業，農業產業化發展初具規模。
吉木薩爾縣雖無江南優美的風光，卻有著眾多的自然和人文景觀：歷史悠久的北庭故城、西大寺，浩渺的大漠風光，獨一無二的古海溫泉、野馬中心，神奇的古生物化石硅化木，氣候宜人的青松森林公園，貫穿天山通往吐魯番的車師古道以及沿途的龍溝遺址、高山神泉、天塹石堡等險峻而優美的原始奇景是旅游觀光者流連往返。南部天山是國家天然林保護區，馬鹿、天山雪雞、野山羊、牦牛等珍稀野生動物活動其間。北部沙漠有國家二級有蹄類動物保護區－－卡拉麥里山自然保護區，是野驢、黃羊的樂園和普氏野馬的故鄉，有國內和世界唯一的普氏野馬繁殖中心，有國家AAA級景區－－五彩灣溫泉度假村。吉木薩爾縣曾為絲路古道重要的政治、軍事、經濟和文化中心，漢時為車師后國，盛唐時設北庭大都護府，轄天山以北、巴爾喀什湖以東以南廣大西域地區。境內北庭故城及高昌回鶻佛寺遺址為國家級重點文物保護單位，還有千佛寺、車師古道、疏勒古城遺跡、小西溝遺址等30余處自治區、自治州級文物保護單位。主要旅游景點有：車師古道、北庭都護府城址和北庭西大寺（高昌回鶻佛寺）、千佛寺、普氏野馬繁殖中心、沙漠溫泉和沙漠狩獵場，以及大龍口溝、渭戶溝、吾塘溝、花兒溝、牛圈子溝等天山自然景觀。
